于1953年参加了清江市中西医进修班,结业后于1954年又考入江苏省中医学校(南京中医药大学前身)。
1957年程莘农奉调北京中医学院,任针灸教研组组长,兼附属医院针灸科组长、副主任、主任医师,
1975年,东直门医院并入中国中医研究院后,他转调中医研究院工作,任针灸研究所经络临床研究室主任,针灸教学研究室主任,针灸研究所专家委员会副主任委员,国际针灸培训中心副主任,主任医师,教授等。
在从医生数十年中,程老积累了丰富的临床、教学及科研经验。为中医针灸事业发展做出了多方面的贡献。
他先后应邀前往日本、加拿大、美国、法国、英国、意大利等十几个国家几十个城市进行讲学和考察,并多次组织或参加国际学术会议,努力向国际推广针灸。他也因此在国际上获得较高声望。被聘为加拿大传统针灸学院名誉教授,美国美东中医针灸师联合会名誉理事,南斯拉夫针灸学会名誉主席,挪威针灸学校名誉校长等职。
程老1990年获世界文化理事会“阿尔伯特·爱因斯坦世界科学奖”,1993年被国家科委聘为国家攀登计划“经络的研究”首席科学家,1994年当选首批中国工程院院士。1998选任中央文史馆馆员。此外还任中华针灸进修学院名誉院长,中国医学基金会常务理事,www.63365.com副会长,中国国际针灸考试委员会副主任委员,第六届四次、五次,第七、八届全国政协委员等职。